Zakład Badań nad Muzyką Dawną
Kierownik – dr hab. Jakub Kubieniec, prof. UJ
Pracownicy: dr Marek Bebak, mgr Jolanta Bujas-Poniatowska, dr Maciej Jochymczyk, dr hab. Jakub Kubieniec, prof. UJ, dr hab. Aleksandra Patalas, prof. UJ, dr hab. Piotr Wilk, prof. UJ
Zakład Badań nad Muzyką od XIX do XXI wieku
Kierownik – prof. dr hab. Magdalena Dziadek
Pracownicy: dr Silvia Bruni, dr hab. Rafał Ciesielski, prof. UJ, prof. dr hab. Magdalena Dziadek, dr Gabriela Gacek, dr Dagmara Łopatowska-Romsvik, dr Andrzej Sitarz
Pracownia Badań nad Multimedialnością Muzyki
Kierownik – prof. dr hab. Anna G. Piotrowska
Pracownicy: dr Wojciech Marchwica, prof. UJ, prof. dr hab. Anna G. Piotrowska
Pracownia Badań nad Zabytkami Muzycznymi
Kierownik – prof. dr hab. Renata Suchowiejko
Pracownicy: dr Sylwia Jakubczyk-Ślęczka, prof. dr hab. Renata Suchowiejko
Ośrodek Dokumentacji Muzyki Polskiej XIX i XX wieku im. I.J. Paderewskiego
Kierownik – dr Michał Jaczyński
Pracownicy: dr Michał Jaczyński, mgr Michał Jarosz, dr Justyna Kica
Biblioteka i Fonoteka IM UJ
Kierownik – kustosz dypl. mgr Stanisław Hrabia
Pracownicy: kustosz dypl. mgr Stanisław Hrabia, mgr Ewa Jedynak, kustosz bibl. mgr Michał Momot, kustosz bibl. mgr Anna Salamon