Zakład Badań nad Muzyką Dawną
Kierownik - dr hab. Jakub Kubieniec, prof. UJ
Pracownicy: dr Marek Bebak, prof. dr hab. Zofia Fabiańska, dr Maciej Jochymczyk, dr hab. Jakub Kubieniec, prof. UJ, dr Wojciech Marchwica, prof. UJ, dr hab. Aleksandra Patalas, prof. UJ, dr hab. Piotr Wilk, prof. UJ
Zakład Badań nad Muzyką od XIX do XXI wieku
Kierownik – prof. dr hab. Magdalena Dziadek
Pracownicy: dr hab. Rafał Ciesielski, prof. dr hab. Magdalena Dziadek, dr Bożena Lewandowska, dr Dagmara Łopatowska-Romsvik, dr hab. Anna G. Piotrowska, prof. UJ, dr Andrzej Sitarz
Ośrodek Dokumentacji Muzyki Polskiej XIX i XX wieku im. I.J. Paderewskiego
Kierownik – mgr Justyna Szombara
Pracownicy: mgr Michał Jaczyński, mgr Justyna Szombara
Pracownia Badań nad Zabytkami Muzycznymi
Kierownik – dr hab. Renata Suchowiejko, prof. UJ
Pracownicy: dr Sylwia Jakubczyk-Ślęczka, dr hab. Renata Suchowiejko, prof. UJ
Kierownik – kustosz dypl. mgr Stanisław Hrabia
Pracownicy: kustosz dypl. mgr Stanisław Hrabia, lic. Ewa Kołacka, mgr Michał Momot, mgr Anna Salamon